İki teras üzerine iki katlı olarak inşa edilmiş Medrese, cami ve türbe ile birlikte külliye olarak nitelendirilebilir. Yapımına Artuklular tarafından başlanıp 15. yüzyılda Akkoyunlular tarafından tamamlanan Medrese bu nedenle Sultan Kasım'ın adıyla anılır. 1469 yılına tarihlenen Medrese, şehirdeki eğitim amaçlı yapıların en büyüklerinden biri. Tek bir avlu etrafında düzenlenmiş iki katlı mekânlar ve bağımsız bir mescitten oluşur. Plan özellikleri, taş işçiliği ve süsleme motifleri, devir özelliklerini yansıtmasa da bu anıtsal yapının Mardin'deki Artuklu Dönemi'nin son eserlerinden birisi olduğu söylenebilir.
Medrese Mahallesi'nde bulunan yapı, 1385 yılında Mardin'de hüküm süren son Artuklu Sultanı Melik Necmeddin İsa tarafından yaptırılmış. Bu nedenle "Sultan İsa Medresesi" adı ile de anılır. Timur ve ordusuyla mücadele etmiş olan Melik İsa 'nin bir süre bu medresede hapsedildiğine inanılır. Halk arasında Zinciriye Medresesi denilmesi, bir rivayete göre eskiden iki dilimli kubbe arasında zincir gerilmiş olması nedeniyledir. Dikdörtgen ve geniş bir alanı kaplayan yapı, iki kat üzerinde avlu, cami, türbe ve çeşitli ek mekânlardan meydana gelir. Doğu ve batı ki dilimli kubbeler ve doğu tarafına rastlayan yüksek taç kapısı ile dikkati çeken Medrese'nin, güney kısmında Sultan İsa'ya ait türbe yer alır. Medrese' de ayrıca çok sayıda eski kitabe mevcut. Rasathane olarak da kullanılabilmesi için yüksekte kurulmuş. Mardin Müzesi bugünkü binasına taşınmadan önce Zinciriye Medresesi' nde işlevini sürdürmüştür.
Şah Sultan Hatun Medresesi
Tekke Mahallesi'nde bulunan Medrese'nin, Koyunlu Hükümdarı Kasım bin yeğeni Bey tarafından yaptırıldığı bilinmektedir.
Melik Mansur Medresesi
Gül Mahallesi'nde bulunan Medrese bir Artuklu eseridir. İçerisinde lahitlerin bulunduğu Medrese günümüzde mescit olarak kullanılmaktadır.
Altunboğa Medresesi
Şehir merkezinde bulunan Medrese'nin çeşme olarak kullanılan bölümü günümüze sağlam gelmiş. Altunboğa Medresesi, 13. yüzyıl sonu ile 14. yüzyıl başına tarihlendirilir.
Cihangir Bey Zaviyesi
Mardin'in güneyinde bulunan Cihangir Bey Zaviyesi, dikdörtgen planlı olup ortada çapraz tonoz, iki yanda beşik tonozlarla örtülüdür. Zaviye, Akkoyunlu Cihangir Bey tarafından yaptırılmıştır. Yapılış tarihi kesin olarak bilinmemekle beraber Cihangir Bey'in yaşadığı dönem ve yanındaki türbenin günümüze gelen kalıntıları, 15. yüzyılın başlarında yapıldığını göstermektedir. Zaviye ve yanındaki türbe çok harap ve yıkık durum da günümüze gelebilmiştir. Cihangir Bey Zaviyesi ve Türbesi yakın tarihlerde onarılmıştır.
Hatuniye Medresesi (Sitti Radviyye Medresesi)
Gül Mahallesi'nde bulunan Hatuniye Medresesi, Artuklu Necmettin Alpi 'nin hanimi ve Kutbettin İlgazi 'nin annesi Sitti Raziye'nin adıyla da anılır. 1176-1184 yılları arasına tarihlenen yapı bugün cami olarak kullanılıyor. Eyvanlı medreselerin öncüsü olan yapı, 12. yüzyıl mimari özelliklerini taşır. İki katlı, iki eyvanlı, revaklı avlulu bir yapıdır. Medresedeki lahitler, yapıyı ayrıcalıklı kılar. Ana eyvanda bulunan mihrap bezemeleri, Artuklu Dönemi'nin zengin taş işçiliğini gözler önüne serer. Kutbettin İlgazi' nin, annesinin yaptırmış olduğu bu medreseye defnedildiği bilinmekte. Cami'nin bir başka önemli özelliği ise Hz. Muhammed'e ait olduğu kabul gören ayak izinin burada bulunmasıdır.